Thời điểm ăn tổ yến cũng rất quan trọng.

Ăn tổ yến vào buổi sáng sớm khi bụng đói trước khi ăn sáng 30 phút hoặc buổi tối trước khi đi ngủ 1 tiếng là tốt nhất, vì lúc này cơ thể dễ dàng hấp thụ các dưỡng chất. Tuyệt đối không nên ăn tổ yến sau bữa ăn no, vì sẽ gây khó tiêu, đầy bụng,Không nên ăn tổ yến khi đang bị cảm lạnh, sốt, ho hoặc tiêu chảy.
Liều lượng tổ yến phù hợp cho người lớn là 3-5 gram/lần, 2-3 lần/tuần. Trẻ em dưới 1 tuổi không nên ăn tổ yến. Trẻ em từ 1-3 tuổi chỉ nên ăn 1-2 gram/lần, 1-2 lần/tuần.

Nhiều người thường chế biến tổ yến bằng cách nấu ở nhiệt độ cao hoặc nấu quá lâu. Điều này sẽ làm mất đi một phần giá trị dinh dưỡng của tổ yến. Nên chế biến tổ yến ở nhiệt độ vừa phải, trong thời gian ngắn để giữ được hương vị và dưỡng chất.Nên chưng yến cách thủy ở nhiệt độ khoảng 80-90 độ C trong vòng 30-45 phút. Không nên nấu tổ yến chung với các nguyên liệu có tính axit cao như giấm, chanh.